Buenrostro, platformun etkisinin 2013’teki tanıtımından itibaren açıkça görüldüğünü hatırladı. İnsan dokusundan insan hastalıkları biyolojisine, bitkiler ve timsahlar da dahil olmak üzere türler arası analizlere kadar “İnsanların bunu hemen her türlü bağlamda kullanmaya başladıklarını gördük.” “Bunun gerçekleşmesi son derece eğlenceli bir şeydi” dedi. “Oldukça geniş ve oldukça genelleştirilebilir bir yöntemimiz vardı.”
On yıl sonra sayısız araştırmacı, farklı hücrelerde hangi epigenetik faktörlerin rol oynadığına ilişkin soruları yanıtlamak için ATAC-seq’in daha sonraki bir yinelemesini kullandı. Buenrostro ve meslektaşları o zamandan beri, kan kök hücrelerinde diğer hücre türlerine farklılaşırken gen ifadesindeki değişiklikleri izlemek için kullandıkları bir yöntem olan tek hücreli ATAC-seq’i geliştirdiler.
Buenrostro’nun çalışmalarının en heyecan verici uygulamaları arasında kanser ekosisteminin daha iyi anlaşılması yer alıyor. Buenrostro, “Tümörler kişiden kişiye çok farklı” diye açıkladı. “Ve onları çevreleyen hücreler, var olan kansere neden olan mutasyonlara bağlı olarak olağanüstü derecede farklı ve benzersiz olabilir. Dolayısıyla her kişinin bireysel tümörünü anlayabilmek ve normal, sağlıklı hücrelerin kansere dönüşmesinin çeşitli yollarını inceleyebilmek için bunun gibi yöntemlere ihtiyacınız var.”
Son zamanlarda Buenrostro ve SCRB Departmanı meslektaşı Yardımcı Doçent Fei Chen, genetik mutasyonların mekansal konumlarını anlamak için yeni DNA dizileme yöntemleri geliştirdi. Kanserli tümörler bağlamında, slayt-DNA-seq adı verilen en son yöntem, araştırmacılara kanser hücrelerinin yolları ve potansiyel tedaviler hakkında daha net bir resim sunuyor.
Buenrostro, insanların unuttuğu bir şeyin, insan genomlarının inanılmaz derecede uzun veri dizileri (3 milyar baz çifti veya DNA merdiveninin basamakları) olduğu olduğunu söyledi. Bu nedenle, milyonlarca bireysel hücrenin tüm genomu üzerinde yapılan ölçümler, Buenrostro’nun mevcut çalışmasının büyük bir bölümünü oluşturan hesaplama araçlarında ilerlemeler gerektiriyor. “ATAC-seq’i ilk etapta yapmamızın nedeni, genetik kodumuzu anlama sorununu gerçekten teknolojik bir sorun olarak düşünmemizdi” dedi.
Buenrostro, Ulusal Sağlık Enstitüleri 2019 Yeni Yenilikçi Ödülünü aldı ve aynı yıl MIT Technology Review’un “35 Yaş Altı Yenilikçiler” listesine seçildi. Kendisi Broad Institute’un bir üyesi ve Haber Fellows Society’nin eski bir üyesidir. Mühendislik ve biyoloji alanındaki lisans derecesi Santa Clara Üniversitesi’ndendir.
SCRB’nin bölüm eş başkanı ve Forst Ailesi Profesörü Amy Wagers, “Jason, çalışmaları gen regülasyonu ve genom yapısının temel ilkelerini benzeri görülmemiş bir çözünürlükle tanımlayan entelektüel bir öncüdür” dedi. “Bugün yaptığı keşifler yarının ders kitaplarını yazıyor ve onun olağanüstü yeteneğinin ve çığır açan araştırmasının bu ödülle ödüllendirildiğini görmek beni heyecanlandırıyor.”
Vakfa göre MacArthur Bursu her yıl “çeşitli alanlarda olağanüstü özgünlük ve yaratıcı arayışlarına bağlılık sergileyen yetenekli kişilere” veriliyor. Bu yılki sınıfı oluşturan 20 bursiyer arasında üç Haber mezunu yer alıyor: yazar ve Arizona Üniversitesi yaratıcı yazarlık profesörü Manuel Muñoz ’94; aerosol bilimcisi, mühendis ve Virginia Tech profesörü Linsey C. Marr ’96; ve araştırmaları karbon döngüsüne odaklanan Boston Üniversitesi Dünya ve Çevre profesörü Lucy Hutyra ’07.
Üyeler hiçbir kısıtlama olmaksızın 800.000 $ maaş alıyor. Buenrostro, ödülün, MIT’de biyoloji araştırmacısı olan eşi Sara Prescott ile birlikte iki küçük çocuğunu büyütürken araştırmaya olan bağlılığını sürdürmesine yardımcı olacağını umuyor. Perry’ye gelince, onun üzerinde çalıştığı o kadar çok proje var ki, cömert ödülü harcamayı düşünecek vakti olmadı. “Her ne ise” dedi, “diğer insanlarla işbirliği içinde olmasını istiyorum.”
Günlük Gazete
En son Haber haberlerini almak için günlük e-postalara kaydolun.
On yıl sonra sayısız araştırmacı, farklı hücrelerde hangi epigenetik faktörlerin rol oynadığına ilişkin soruları yanıtlamak için ATAC-seq’in daha sonraki bir yinelemesini kullandı. Buenrostro ve meslektaşları o zamandan beri, kan kök hücrelerinde diğer hücre türlerine farklılaşırken gen ifadesindeki değişiklikleri izlemek için kullandıkları bir yöntem olan tek hücreli ATAC-seq’i geliştirdiler.
Buenrostro’nun çalışmalarının en heyecan verici uygulamaları arasında kanser ekosisteminin daha iyi anlaşılması yer alıyor. Buenrostro, “Tümörler kişiden kişiye çok farklı” diye açıkladı. “Ve onları çevreleyen hücreler, var olan kansere neden olan mutasyonlara bağlı olarak olağanüstü derecede farklı ve benzersiz olabilir. Dolayısıyla her kişinin bireysel tümörünü anlayabilmek ve normal, sağlıklı hücrelerin kansere dönüşmesinin çeşitli yollarını inceleyebilmek için bunun gibi yöntemlere ihtiyacınız var.”
Son zamanlarda Buenrostro ve SCRB Departmanı meslektaşı Yardımcı Doçent Fei Chen, genetik mutasyonların mekansal konumlarını anlamak için yeni DNA dizileme yöntemleri geliştirdi. Kanserli tümörler bağlamında, slayt-DNA-seq adı verilen en son yöntem, araştırmacılara kanser hücrelerinin yolları ve potansiyel tedaviler hakkında daha net bir resim sunuyor.
Buenrostro, insanların unuttuğu bir şeyin, insan genomlarının inanılmaz derecede uzun veri dizileri (3 milyar baz çifti veya DNA merdiveninin basamakları) olduğu olduğunu söyledi. Bu nedenle, milyonlarca bireysel hücrenin tüm genomu üzerinde yapılan ölçümler, Buenrostro’nun mevcut çalışmasının büyük bir bölümünü oluşturan hesaplama araçlarında ilerlemeler gerektiriyor. “ATAC-seq’i ilk etapta yapmamızın nedeni, genetik kodumuzu anlama sorununu gerçekten teknolojik bir sorun olarak düşünmemizdi” dedi.
Buenrostro, Ulusal Sağlık Enstitüleri 2019 Yeni Yenilikçi Ödülünü aldı ve aynı yıl MIT Technology Review’un “35 Yaş Altı Yenilikçiler” listesine seçildi. Kendisi Broad Institute’un bir üyesi ve Haber Fellows Society’nin eski bir üyesidir. Mühendislik ve biyoloji alanındaki lisans derecesi Santa Clara Üniversitesi’ndendir.
SCRB’nin bölüm eş başkanı ve Forst Ailesi Profesörü Amy Wagers, “Jason, çalışmaları gen regülasyonu ve genom yapısının temel ilkelerini benzeri görülmemiş bir çözünürlükle tanımlayan entelektüel bir öncüdür” dedi. “Bugün yaptığı keşifler yarının ders kitaplarını yazıyor ve onun olağanüstü yeteneğinin ve çığır açan araştırmasının bu ödülle ödüllendirildiğini görmek beni heyecanlandırıyor.”
Vakfa göre MacArthur Bursu her yıl “çeşitli alanlarda olağanüstü özgünlük ve yaratıcı arayışlarına bağlılık sergileyen yetenekli kişilere” veriliyor. Bu yılki sınıfı oluşturan 20 bursiyer arasında üç Haber mezunu yer alıyor: yazar ve Arizona Üniversitesi yaratıcı yazarlık profesörü Manuel Muñoz ’94; aerosol bilimcisi, mühendis ve Virginia Tech profesörü Linsey C. Marr ’96; ve araştırmaları karbon döngüsüne odaklanan Boston Üniversitesi Dünya ve Çevre profesörü Lucy Hutyra ’07.
Üyeler hiçbir kısıtlama olmaksızın 800.000 $ maaş alıyor. Buenrostro, ödülün, MIT’de biyoloji araştırmacısı olan eşi Sara Prescott ile birlikte iki küçük çocuğunu büyütürken araştırmaya olan bağlılığını sürdürmesine yardımcı olacağını umuyor. Perry’ye gelince, onun üzerinde çalıştığı o kadar çok proje var ki, cömert ödülü harcamayı düşünecek vakti olmadı. “Her ne ise” dedi, “diğer insanlarla işbirliği içinde olmasını istiyorum.”
Günlük Gazete
En son Haber haberlerini almak için günlük e-postalara kaydolun.